En junio de 1994, Philip y Wendy Rogers llegaron a Chile como misioneros enviados por la iglesia Temple Baptist Church de Gulfport, Mississippi, EE. UU. (La iglesia Temple fue constituida en octubre de 1973 bajo la autoridad de la iglesia Hickory Springs Missionary Baptist Church en Poplarville, Mississippi; esta última fue establecida en 1889, entre otros datos).
En octubre de 1994, los Rogers iniciaron estudios bíblicos en su hogar, ubicado en el Pasaje Huingán, en La Florida.
En octubre de 1995, se arrendó una casa en Avenida Santa Inés para los cultos de la nueva misión.
El 27 de abril de 1997, se constituyó oficialmente la Iglesia Bautista El Faro, con 24 miembros fundadores. Para este evento, se contó con la visita de varios pastores y sus esposas. También estuvieron presentes René Freret, pastor de la iglesia Temple en EE. UU.; Eldwyn Rogers, padre de Philip Rogers; así como Daniel, Cindy y Julia Rose Rogers, hermano, cuñada y sobrina, respectivamente, de Philip Rogers.
En marzo de 2007, la iglesia logró comprar a la Municipalidad de La Florida, con la generosa ayuda de iglesias y hermanos en los Estados Unidos, especialmente la iglesia Liberty Baptist Church en Waynesboro, Mississippi, la propiedad ubicada en San Marcelino 3356. Esta propiedad ya había sido entregada en comodato a nuestra iglesia por el alcalde Pablo Zalaquett en 2004.
Por la gracia de Dios, en octubre de 2012, la Municipalidad de La Florida nos facilitó el uso de las instalaciones del Colegio Maestra Elsa Santibáñez para nuestros cultos dominicales, mientras se construye nuestro templo en San Marcelino.
Los ancianos de la iglesia fueron el pastor Philip Rogers, el pastor Jaime García (ordenado el 16 de noviembre de 2013) y el hermano Iván Morales (nombrado anciano el 12 de junio de 2016).
En la actualidad, el pastor Philip Rogers y esposa están en EE.UU. ministrando al Señor, el hermano Iván Morales partió a la presencia del Señor en Enero 2019. En la actualidad, el pastor Jaime García está pastoreando la Iglesia Bautista El Faro.